Monstros grotescos, semelhantes a Godzilla, chamados "kaijuu" têm aparecido no Japão há muitos anos. Para combater essas feras, uma unidade militar de elite conhecida como Corpo de Defesa arrisca suas vidas diariamente para proteger civis. Assim que uma criatura é morta, "varredores" — trabalhando para a Corporação Profissional de Limpeza de Kaijuu — são responsáveis por descartar seus restos mortais. Kafka Hibino, um homem de 32 anos, está insatisfeito com seu trabalho como varredor. Desde jovem, ele aspirava a se juntar ao Corpo de Defesa e matar kaijuus para sobreviver. Após algumas tentativas frustradas, no entanto, ele desistiu de seus sonhos e se resignou à mediocridade que lhe proporcionava um salário decente. No entanto, quando um ambicioso recruta de 18 anos chamado Reno Ichikawa se junta à sua equipe de limpeza, Kafka se lembra mais uma vez de seu desejo de ingressar no exército. Após uma série de eventos infelizes e uma interação com o jovem varredor, Kafka encontra um kaijuu parasita que o invade pela boca, transformando-o em um monstro humanoide. Com seus novos poderes, Kafka pretende dar uma última chance ao seu sonho de vida.
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